考えられる理由として、AppleヘルスケアアプリにApple Watch以外の歩数計測アプリ・デバイスを接続していることが挙げられます。
Vitalityアプリへ反映されるデータは、iPhone本体とApple Watchで計測したデータのみです。
Appleヘルスケアアプリ内で、Vitalityアプリに反映される歩数を確認する方法は、以下をご確認ください。

（AppleWatchをご利用の場合はこちらの解決方法をご確認ください。）

【Vitalityに反映される歩数の確認方法】
１．Appleヘルスケアアプリを開き、「歩数」をタップ
２．画面を下方にスクロールし、「データソースとアクセス」をタップ
３．「データソースとアクセス」画面を下方にスクロールし、データソース内の「iPhone」をタップ
※手順３で、データソース内に「iPhone」以外の表記がある場合、その歩数でVitalityポイントは獲得いただけません。

以下の方法により、ヘルスケアアプリとの接続を停止することで、Vitalityと反映されるデータの相違がなくなります。
【停止方法】
１．上記【Vitalityに反映される歩数の確認手順】の手順３「データソースとアクセス」画面を下方にスクロールし、右上の編集をタップ
２．データソース欄の「iPhone」または「Apple Watch」以外のアプリ等の表示をタップ（停止中と表示されます）
３．右上のチェックマークをタップ

上記手順および、項目の表示は、iPhoneのOSや端末設定によって異なる場合がございます。（例：〇〇のiPhone等）